Эпизод I
Действие игры начинается в 2499 году, когда в ходе активной колонизации космоса терраны сталкиваются с неизвестными доселе враждебными существами — зергами. При этом Конфедерация, доминирующая в этом секторе политическая группировка терран, отказывает в защите атакованным колониям. Тогда инициативу по защите одной из них, Мар Сары, берет в свои руки местный шериф Джим Рейнор. После того, как люди Рейнора уничтожают заражённый зергами терранский командный центр, представители Конфедерации объявляют Рейнора изменником и арестовывают. На свободу Джима выпускает повстанческая организация «Сыновья Корхала», целью которой является свержение тирании Конфедерации.
В ходе последовавших вооружённых столкновений обнаруживается, что зергов на терранские колонии привлёк пси-излучатель — устройство, которое агенты Конфедерации использовали, чтобы заманить зергов на неугодные режиму колонии. Затем, основные силы Конфедерации должны были вступить в бой с «неизвестным врагом» и «освободить» поражённые миры. Однако, дело приняло неожиданный оборот, когда в бой вступила третья сторона — протоссы. Их флот, оснащённый технологиями, далеко превосходящими терранские, следовал к заражённым зергами колониям терран и подвергал их массированной орбитальной бомбардировке, уничтожая там всё живое.
«Сыновья Корхала» находят планы для производства пси-излучателей, и устанавливают несколько экземпляров на густонаселённых планетах Конфедерации, включая её столицу, Тарсонис. В результате, основные силы и миры Конфедерации были сокрушены нескончаемыми атаками привлечённых пси-излучателями зергов, а оставшиеся терранские поселения перешли под контроль «Сыновей Корхала», выступивших в роли защитников человечества от инопланетной угрозы, и основавших на обломках Конфедерации новый государственный строй — Доминион.
Все это время, командующий флотом протоссов, верховный храмовник Исполнитель («экзекутор») Тассадар, следуя приказу Конклава, выжигал зараженные зергами планеты одну за другой. Однако, во время битвы за Тарсонис, он решил вмешаться и попытался спасти людей, высадив десант на космическую платформу «Новый Геттисберг», на которой располагался главный Улей зергов, с целью уничтожить его и не дать зергам полностью разрушить Тарсонис.
Это шло вразрез с планами лидера «Сыновей Корхала» Арктуруса Менгска, который желал полного уничтожения всего, что стояло на его пути к власти. Он послал на ту же платформу Сару Керриган — свою ближайшую помощницу, с приказом помешать силам протоссов уничтожить зергов.
Посланный Тассадаром десант оказался тактически слабее и отступил, чем воспользовались зерги, атаковавшие позиции терран с тыла. Отряд Керриган был уничтожен после того как Менгск проигнорировал её просьбу об эвакуации.